پس از تشخیص و مرحله بندی دقیق تومور نوبت به تعیین نقشه درمانی می رسد .نقشه درمانی بیماران مبتلا به سرطان های کولون و رکتوم بر اساس شرایط بیمار و مرحله سرطان تعیین می شود . در این طراحی نقشه درمانی جراحی ستون اصلی درمان را تشکیل می دهد اما شیمی درمانی ؛ رادیوتراپی ؛لیزر ؛ امواج RF و ... در این میان نقش خود را دارند . لذا در این گونه تصمیم گیری ها معمولا جلساتی با عنوان توموربورد تشکیل می شود که همه پزشکان مرتبط با درمان این بیماران شامل جراحان گوارش ؛ همکاران گوارش ؛ همکاران انکولوژی جهت تعیین برنامه شیمی درمانی ؛ همکاران رادیوتراپی جهت تعیین برنامه رادیوتراپی و همکاران پاتولوژی جهت دوباره دیدن تومور زیر میکروسکوپ و...در این جلسه حضور داشته و  در مورد اقدام لازم یک تصمیم مشترک می گیرند.

بر اساس این تصمیم گیری برخی از بیماران بلافاصله برای عمل جراحی آماده می شوند و برخی ابتدا تحت شیمی درمانی یا رادیوتراپی قرار میگیرند و سپس برای عمل جراحی آماده می شوند . در موارد خاص نیز از روش های دیگر بصورت موردی استفاده می شود. نکته مهمی که در این میان بایستی به آن توجه کرد آنست که هر چه بیماری در درجه کمتر و مراحل ابتدایی تری تشخیص داده شود درمان آن ساده تر خواهد بود و از طرفی احتمال درمان قطعی بیمار نیز بیشتر خواهد بود . نکته مهم دیگری که باید آنرا مورد توجه قرارداد اینست که در روند عمل جراحی برخی از بیماران تصمیم به انجام کولستومی گرفته می شود . کولستومی به بیرون گذاشتن سر روده از جدار شکم گفته می شود که مردم در کشور ما دید بسیار منفی نسبت به این مساله دارند اما واقعامر این طور نیست و انجام کلستومی به معنای مرگ قریب الوقوع نمی باشد حتی گاهی کولستومی برای آن تعبیه می شود که شانس درمان قطعی از بیمار گرفته نشود و بتوان بهترین شانس را برای درمان کامل به بیمار داد.